Museum nous invite à arpenter les immenses couloirs, à découvrir les méandres de ce lieu fabuleux et au patrimoine culturel richissime qu'est le Museum d'histoire naturelle de Paris. Ici, se cotoient les plus éminents chercheurs qui oeuvrent dans des domaines variés (biologie, embryologie, paléontologie, géologie, ornithologie...), des caractères forts et déterminés, passionnés qui possèdent leurs convictions, leurs théories, mais aussi des personnages tels que le vieux professeur Florus, mémoire vivante du Museum ou la jeune conservatrice Léopoldine Devaire qui jouera très vite un rôle déterminant.

Tout débute lorsqu'un beau jour une météorite tombe dans le jardin de Madame Le roch, retraitée à Saint-Cast-Le-Guildo en Bretagne et que cette météorite est confiée au Museum.

Les mondes scientifique et religieuxsont en émoi : cette météorite serait antérieure à la création du système solaire.

Peter Osmond, éminent paléontologue et géologue américain, athée convaincu, est dépêché sur les lieux, le Vatican enverra l'eclésiastique Marcello Magnani astrophysicien de renom. Les deux hommes vont devoir collaborer malgré leurs divergences de convictions. Léopoldine les secondera dans leurs travaux, retrouvant par hasard une mystérieuse malle qui pourrait bien changer la face du monde.

La question essentielle est posée : celle de nos origines : l'homme est-il un produit de l'évolution ou le fait d'un désir intelligent..... de Dieu ?